目前，發酵床技術越來越受人歡迎，不但生態環保，還可節能省糧，抗病促長，提高養殖成本等。但是，與任何新生事物一樣，“林子大了什么鳥都有”，發展快了，難免“蘿卜快了不洗泥”， 行業監管泛力、企業自律不力、大量急功近利者使歪力、少數見利忘義者具有破壞力、造成了這個新興行業一時亂象叢生，一些小雜牌為了打入市場，夸大宣傳、假冒偽劣、傍牌侵權等等不一而足，因此，廣大用戶在選擇發酵床菌種時，一定要擦亮雙眼，選擇更專業的發酵床菌種。根據發酵床的產品特性，廣大用戶可參考以下幾個方面來選擇發酵床菌種：
　　1、選擇活力強大的菌種。實驗室制作或土法自制的菌種活力較差而且不穩定，此時行彼時不行，此地行彼地不行，三兩個月行而半年一年又不行了，南方行的北方又不行等。因而要選專業廠家生產的發酵床專用菌種，專業公司生產的菌種經過篩選、提純、復壯等多道工序，菌種功能強大，且性能長期穩定可靠，操作起來一般不會出現因人而異的情況。菌種的劑型要合適，一般來地說，粉劑固體類菌種，其休眠功能極好，活力及抗逆性極強，易于保存和運輸，常溫下可保存三年以上，做好的床幾個月不進動物仍可正常啟動，同時粉劑型還可以分批次在不同時間轉入活化狀態進行工作，只有外界條件合適時才從休眠狀態轉入活化狀態，不會因一時條件不適合發酵而導致菌種死亡。
　　2、選擇天然復合型菌種。發酵床內是一個很復雜的生態系統，因而無論是單一菌種還是某一兩種單一菌種“機械性”組合結合，均遠遠不能適應發酵床中不同部位不同季節的溫度、濕度、通氣性、酸堿度等復雜多變情況，運行三兩個月后極易造成菌種大部分甚至全軍覆沒的“死床”現象，使整個發酵床報廢，用戶的時間及經濟損失慘重，經銷商與廠家的信譽大損。做發酵床千萬不能急功近利，所謂“復合菌種”，決不能用某幾個單一菌種機械相加“復合”了事，最好要用天然復合菌種，天然復合菌種歷經數萬年自然磨合，能“相生不相克”，能相互配合協同作戰，而機械型復合的菌種可能導致各菌種內部拮抗、沖突、內耗，失敗的風險極大。
3、選擇操作簡單的菌種。如果做床太繁瑣、太麻煩，一是時間上耗不起，成本高昂，而且易出錯；二是不便于學習和推廣傳播，不便于經銷。
4、選擇臨床實踐長的菌種。要問廠家何時進入這個行業，沒個兩三年臨床實踐經驗只能算湊熱鬧不能算入門了，質量穩定更是大問號。在選用一種產品之前先了解一下這個廠家的產品有多少用戶，有哪些經銷代理商。一般來說，用戶越多且分布越廣的產品代表性越強，用起來越安全；經銷代理商越多、口碑越好的，這個產品越可靠。不象西瓜或口香糖餅干之類的消費品，一吃便知優劣，發酵床產品及相關技術一般要經幾年示范推廣才能下結論，要經得起市場以及時間的考驗，所以選擇發酵床產品時不能貪圖一時便宜，一定應該謹慎行事，避免受到重大損失。
　　5、選擇媒體報道過的菌種。真正好的技術和產品總會很快為廣大用戶所了解，發酵床養殖技術也不例外，而真正的好產品口碑自然不會壞，媒體也會正面進行宣傳報道。如果報刊雜志上網站等各種媒體的廣告宣傳均見不到，向用戶或一般百姓打聽均說沒聽見過的，那么，這個廠家或產品可能是新的或很一般的。當然也不能片面聽信某些非法小報刊雜志的夸大或欺騙性的宣傳，應注意甑別，要選擇一些口碑較好影響力較大的媒體來了解這一技術與產品。
　　6、選擇總成本投入最低的。發酵床的成本包括發酵菌種成本和有機墊料成本，有的技術還包括使用過程的維護成本，選擇某項產品時要考慮綜合成本，所以不要只聽某菌種單價，有的菌種可能不要花錢，但自行生產或制作的時間及成本費用遠遠高于選購專業菌種。發酵床的制作總成本包括很多方面，應綜合計算，如菌種的單價、每平方米的用量、每克有效功能活菌數、菌種的存活時間與添補周期、墊料的易得性與成本費用，配合輔料的種類數量與費用金額、營養液的成本、日常維護的繁簡性及費用成本、人工成本、失敗風險成本等。有的菌種單價很便宜，但各種營養液、氨基酸、添加劑以及過多過厚的墊料、輔料等等，操作繁瑣且不說，其總成本早已讓用戶不堪重負。在同等品質的情況下，總成本越低、操作越簡單的發酵床菌種更具優勢。