1．普通豬糞堆肥：豬糞堆肥所產生的腐敗菌絲與用EM菌液處理發酵豬肥所產生的發酵菌絲是完全不同的。通常的豬糞堆肥是通過多次上下翻動，使氧氣進入處于好氧狀態，以好氧菌為主體的作用下，使有機物分解。真正完全成熟的堆肥，其實是一種通過有機物發熱和產生氣體，使大量的能量釋放到空氣中后留下的殘渣，要是說得過分點，好比沒有燃燒完全的煙。另外，堆肥制作需要好幾個月的時間。

    2．EM菌液發酵豬糞：EM菌液發酵豬糞是通過以厭氧菌為主體，使其在低溫厭氧狀態下對有機物進行發酵。因為發熱放出的熱能很少，產生的氣體也很少，所以能使有機物中的養分盡可能地得以保留，被充分地利用，被充分利用。

    一般用EM菌液處理豬糞時，無需為了使氧氣進入而翻動豬糞。但是為了使豬糞中的碳氮(C／N)比均衡和水分的調節，在豬糞中適當地加入木屑或碎木片時還是要進行必要的翻動。

用EM菌液處理后的豬糞不能稱“豬糞堆肥”，而應稱作“EM菌液發酵豬糞”，以示區別。

    3．EM菌液處理豬糞尿的有效利用方法：

    經過上述這些處理，會使EM菌液殘留在排泄出的豬糞尿內。假如豬糞尿中EM菌液含有量較高，能起抑制腐敗菌進入的作用。利用上述這些的豬糞尿，可進行有效發酵并能制成“EM菌液發酵豬糞”?！?span>EM菌液發酵豬糞”制作時無需象做推肥時那樣高高推起、高溫發酵，溫度一高，就會使氧化分解的腐敗菌占優，EM菌液的活動受到抑制。

    判斷“EM菌液發酵豬糞”可否使用，最簡單的方法是聞氣味，臭味很弱、有發酵味的情況說明可以，相反，如能聞到強烈的惡臭味(或氨水氣味)，說明不成功。

    另一方面，假如新鮮狀態的豬糞沒有惡臭味，也可使用。豬糞堆肥待完全成熟要很長時間，而EM菌液發酵豬糞則不需要。不過，EM菌液發酵豬糞在使用時的形狀有點不太理想，因此在含水量較高的情況下，為了使用方便起見，有必要加入一些含水量低的(如木屑等)材料進行調節。最理想的方法是，用真空吸糞車，直接把豬糞尿撤布到田地里用。

    4．使用量：使用量的多少要根據土壤條件和所種作物的不同而變化，不能一概而論。一般可用與平時相同的用量，結合作物的生長結果狀況，作些適當的調整。

    5．注意：

    (1) 經過EM菌液處理后的豬糞尿，如果惡臭味仍存在，說明EM菌液處理得還不充分，可增加EM菌液的使用次數，也可以通過提高EM菌液和糖蜜的濃度等措施，使惡臭逐漸減輕。

    (2) 普通豬糞堆肥在制作過程中，由于高溫發酵，會產生氨氣，在這種情況下即使在豬糞表面撒布EM菌液也不能完全達到所期望的效果，使EM菌液與新鮮的糞尿接觸，這是使EM發揮作用的最佳條件。

    當豬糞開始腐爛時，腐敗菌占優勢繁殖的地方，即使散布EM菌液也很難使EM菌液產生原有的效果。

    不過，不管哪一種豬糞堆肥，只要使用了EM菌液，都可以提高堆肥的質量，這是毫無疑問的。